de según el tipo de webs que hagas en tu empresa todo dependeeeee.... :-)

Estoy de acuerdo contigo pero creo que todavía queda mucho campo para las webs a medida, sobre todo las webs tipo intranet-CRM, para agilizar la operativa de una empresa y tal, etc. que se componen de una serie de pantallas muy optimizadas, que tiran de un modelo de datos específico del negocio que sea, y que por debajo corren una lógica de negocio también muy específica.

Para este tipo de webs lo que se trata es de contar con una arquitectura de desarrollo robusta que genere aplicaciones idem más mantenibles, extensibles, autodocumentadas, etc. y para eso recomiendo Java!!! jejeje

Aunque bueno para PHP/MySQL también existe soft de apoyo tipo MVC y tal. Saludetes